10月2日，海南省“9·29”应急救援总指挥部与广东省工作组紧急协调工作会议发布信息：要尽最大努力搜救幸存渔民，搜救船只增至34艘、搜救飞机增至10架，除继续在1.1万平方公里海域加紧搜救外，搜救空域扩大到1.8万平方公里，并将搜救方向从南北双向调整为东北至西南双向。新确定的搜救海区比原搜救区域向西、东、北分别扩大了5、20、25海里。
10月2日上午，863船共出动潜水员4批12人次，对海上倾覆渔船和筏子进行了水下探摸排查，并对附近海区的油桶、小筏等漂浮物进行了打捞和检查。11时，晋卿岛18名获救渔民抵达琛航岛。12时，担负转移后送获救遇险渔民的海军991舰抵达琛航岛。经与海南省政府、南海区渔政局协调，991舰计划2日17时搭载滞留琛航岛上的293名获救渔民和4具遇难者遗体，送往三亚交地方有关部门安置。海军已成功救助和安置渔民329人，仍有58名渔民下落不明。
此外，海军部队10月2日命令正在返航途中的和平方舟医院船，紧急赶赴西沙海域执行搜救遇险渔民的任务。
