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烟草局:中国烟草基因组数据库(1.0版)开放运行
中央政府门户网站 www.iruorou.com   2012年03月19日 09时48分   来源:烟草局网站

    3月15日,中国烟草基因组数据库(1.0版)面向行业开放运行。中国烟草基因组数据库的开放运行,标志着烟草基因组计划重大专项取得了新的进展。

    中国烟草基因组数据库设在国家烟草基因研究中心,由国家烟草基因研究中心负责数据库管理和维护。数据库储存了去年底绘制的绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱的所有原始数据以及基因注释结果,总数据量将近7T。这两张序列图谱是目前已知植物基因组序列图谱中基因组最大、组装精度最高、组装结果最好的2个图谱,染色质区覆盖度达到95%以上,基因区覆盖度达到98%以上,contig N50超过30Kb,scaffold N50超过1100Kb,全面达到国际公认高质量精细图谱标准。同时,数据库还开发了Blast、GBrowse、ClustalW、CAP3等工具,能够实现序列相似性比较、基因组浏览、多序列比对、序列拼接等生物信息学分析,可对35852(绒毛状烟草)和31670(林烟草)个预测基因及注释结果进行检索和查询。

    随着烟草基因组计划重大专项的持续推进,中国烟草基因组数据库后续将不断地进行功能升级和扩展改版。栽培烟草全基因组序列图谱、烟草核心种质重测序、烟草连锁图谱等数据都将储存到中国烟草基因组数据库。同时,重大专项产生的烟草代谢组学、烟草突变体库等信息数据也将纳入到中国烟草基因组数据库中来,形成统一的生物信息学分析平台,对后续烟草基因组计划重大专项的深入开展提供数据和技术支持。 

 
 
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